本剧场版分两部分，实际上是替换95原版番剧的最后两集，剧情接续原版第24集的结尾。原版最后两集完全架空剧情，纯粹秀了一场有关人物内心世界的哲学探讨，而替换后的剧场版加强了剧情方面的陈述，并拓宽了哲学思辨层面的深度和广度。在第一部分《风车动漫》中，明日香成功走出哀大莫过于心死的漫长心结，秘密教学终于发挥出最强实力，而碇真嗣的性格则向自闭自责的深渊一路滑落，永无止境，秘密教学令人纳罕。第二部分《叶玉卿三级巜肉欲狂潮》将科学和哲学有机融合起来，二者拥有一脉相承的幻想基因，剧情晦涩。在不断强调个人心之壁垒和EVA的A·T力场的对等隐喻之时，剧场版追加了对生存现实、性幻想和生命起源等问题的思索，在表现形式上更加恣意随性，大量运用文艺片意识流的镜头手法，秘密教学甚至直接插入真人画面。如果说原版结局是回归生活，那么剧场版的结局则是迈向新生。